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药研生物技术服务
Crystal soaking技术

Crystal soaking(晶体浸泡法)筛选片段化合物是基于片段化合物药物发现的一个重要手段,此技术通常要求获得的药物靶标蛋白的晶体结构>2.5埃分辨率。实验流程上,我们通常先生长靶标蛋白单晶,然后把蛋白单晶浸泡在化合物中一段时间,再捞出蛋白晶体进行液氮冷冻保存,随后把蛋白晶体送至同步辐射光源收集晶体衍射数据,最后我们会基于晶体衍射数据分析,为客户提供片段化合物与蛋白结合的复合晶体结构,并向客户提交报告及相关结构数据文件。

 

高通量晶体浸泡

 

 

基于Crystal soaking的DNA解旋酶案例

 

案例中的DNA解旋酶结构,由ATP结合域和C-末端结构域组成,具有ATP结合位点和已知的阳性化合物结合位点,氨基酸序列长度为633,分子量达到76602Da。

 

365体育手机版app下载研发团队采用气相扩散法在一定PEG条件下生长蛋白Apo晶体(平均分辨率达2.2Å),再将生长出来的280个晶体与365体育手机版app下载自有960个化合物的片段化合物库浸泡在一起16个小时后,收集了258个晶体-化合物数据集。在除去分辨率不及3Å的数据集后,最后收集到244个数据进行PanDDA分析。且在此实验中,共筛选出11个结合位点,960个化合物的片段化合物库命中率达到4.3%。

 

(一)

(二)

 

 

960个化合物的片段化合物库

 

(一)

(二)

 

 

蛋白结构秀